Sau một thời gian bị quên lãng, vai trò và nhân cách của Alexis Carrel đã một lần nữa trở thành đề tài tranh cãi khi Bruno Megret nêu ông là "nhà sinh thái học đích thực đầu tiên của Pháp" trong một cuộc tranh luận với đảng xanh về chính sách nhập cư (1991). Tiếp theo đó là cuộc tranh luận, trong đó Alexis Carrel bị cáo buộc là tiếp tay cho các lý thuyết xã hội quốc gia. Các luận văn về thuyết ưu sinh của ông, các liên hệ của ông với Philippe Pétain, với Charles Lindbergh, bạn bè với người bài Do Thái Henry Ford[27] và sự hỗ trợ chính trị chủ nghĩa xã hội quốc gia[28], và nhất là một đoạn trích từ một bản dịch của lời nói đầu cho ấn bản tiếng Đức của quyển "L’Homme, cet inconnu" năm 1936: "Tại Đức, chính phủ đã có những biện pháp mạnh mẽ chống lại sự gia tăng các dân tộc thiểu số, bọn tội phạm, các người điên. Tình trạng lý tưởng sẽ là mỗi cá nhân loại này phải được loại bỏ khi chúng tỏ ra nguy hiểm", theo một số tác giả[29] · [30] đã đủ để xác nhận sự hỗ trợ của Alexis Carrel cho các chính sách của Đức Quốc xã. Lập luận này được lặp đi lặp lại vào năm 1996 bởi Patrick Tort và Lucien Bonnafé người xuất bản (L'Homme cet inconnu ? Alexis Carrel, Jean-Marie Le Pen et les Chambres à gaz), trong đó họ đưa ra những liên kết giữa các quan điểm của Carrel có lợi cho thuyết ưu sinh: sự giết chết không đau của bọn tội phạm, Chương trình T4 của chế độ Quốc xã, sự giết chết không đau bởi đói của các bệnh nhân và các người khuyết tật tâm thần ở Pháp trong Chiến tranh thế giới thứ hai (khoảng 40.000 người chết).Về người đồng tính, Carrel đã viết: "Các giới tính một lần nữa cần được xác định rõ ràng. Điều quan trọng là mỗi cá nhân phải rõ ràng là nam hay nữ. Rằng giáo dục của người đó cấm họ thể hiện khuynh hướng tình dục, các đặc tính tinh thần và các tham vọng đối với người khác giới. "(L’Homme cet inconnu)"[31].Tuy nhiên, đối với giáo sư René Küss - thành viên của Viện Hàn lâm Phẫu thuật, cựu chủ tịch của Hội cấy ghép cơ quan sinh học Pháp - thì "đổ lỗi cho Carrel là người khởi xướng các phòng hơi ngạt là sự lừa đảo lịch sử[32].Dù sao, do kiến nghị[33] đưa ra bởi một số các phong trào cánh tả cực đoan[34] và chống phân biệt chủng tộc[35], Phân khoa Y học của Đại học Lyon I Alexis Carrel - thành phần của Đại học Claude-Nernard - đã được đổi thành tên René-Théophile-Hyacinthe Laennec vào năm 1996 và nhiều đường phố mang tên ông cũng bị đổi tên[36][37].

Vinh dự

• Giải Nobel Sinh lý và Y khoa năm 1912
• Viện sĩ Viện hàn lâm giáo hoàng về Khoa học
• Năm 1972, cơ quan Bưu điện Thụy Điển đã phát hành một tem thư để vinh danh Carrel, đây là một tem thư trong các loạt tem thư Nobel của Thụy Điển.[38]
• Năm 1979, một miệng núi lửa trên Mặt trăng (lunar crater) là Carrel được đặt theo tên ông để tưởng niệm những đóng góp của ông cho khoa học.
• Tháng 2 năm 2002, như một phần của lễ kỷ niệm 100 năm ngày sinh của Charles Lindbergh, trường Đại học Y khoa Nam Carolina tại Charleston đã lập ra "Giải Lindbergh-Carrel",[39] dành cho các người có đóng góp lớn cho "sự phát triển của tiêm truyền dịch và công nghệ lò phản ứng để bảo quản cơ quan sinh học và sự tăng trưởng ". Michael DeBakey và 9 nhà khoa học khác[40] đã được nhận giải thưởng này, gồm một bức tượng nhỏ bằng đồng do nghệ sĩ người Ý C. Zoli tạo ra và đặt tên là "Elisabeth"[41] gọi theo tên Elisabeth Morrow, chị gái của Anne Morrow, vợ của Lindbergh, người bị chết vì bệnh tim. Chính nỗi thất vọng của Lindbergh về công nghệ y tế thời đó là đã không có thể cung cấp một máy bơm tim nhân tạo để có thể phẫu thuật tim khiến chị ấy bị chết, điều này đã dẫn đến cuộc tiếp xúc đầu tiên của Lindbergh với Carrel và sau đó hai người trở nên bạn thân thiết.
• tiến sĩ danh dự của Đại học của Nữ hoàng tại Belfast (Queen's University Belfast),
• tiến sĩ danh dự của Đại học Princeton,
• tiến sĩ danh dự của Đại học Brown
• tiến sĩ danh dự của Đại học Columbia.